Le consommateur qui achète ses aliments, ou qui les consomme tout préparés dans un restaurant, doit pouvoir s'assurer de cette qualité. Or, à la fin du XXe siècle, en Europe en particulier, de nombreuses crises alimentaires ont alarmé les consommateurs et incité les pouvoirs publics à mettre en œuvre de nouveaux dispositifs de contrôle de la sécurité alimentaire. En France, l'AFSSA (Agence française de sécurité sanitaire des aliments) a consacré la séparation entre évaluation du risque alimentaire et la gestion de ce risque. Sur le plan international, l'Organisation des Nations unies pour l'alimentation et l'agriculture (FAO), l'Organisation mondiale de la santé (OMS) et l'Office international des épizooties (OIE) ont un fort rôle dans la gestion de la sécurité alimentaire. Les politiques pratiquées par chaque pays sont fortement encadrées par différentes normes nationales, européennes et internationales.

Certaines crises sont liées à des normes déficientes par exemple d'hygiène, ou à donner des protéines animales à des herbivores (la maladie de la vache folle (encéphalopathie spongiforme bovine, ESB) qui seront très vulnérables à un produit avarié (prion) ou des contrôles vétérinaires trop laxistes. Le manque de chambres froides dans un abattoir ou une boucherie industrielle peut accroître le risque de contamination par les salmonelles. Les analyses microbiologiques des aliments sont souvent limitées. Les céréales, les fruits et les légumes contiennent des résidus de pesticides. Des cas de botulisme ou de contamination à la dioxine ont parfois été observés. Une crise alimentaire peut causer une simple crise de diarrhée chez un individu ayant tardé à consommer un poulet, ou entraîner l'hospitalisation ou la mise sous antibiotiques de tous les visiteurs d'un self-service suite à une salmonellose, voire entraîner la mort de certaines personnes. Le contrôle de la qualité des aliments, la capacité à identifier un aliment contaminé, à tracer l'agent responsable afin de pouvoir isoler les stocks d'aliments dangereux est essentiel à la guarantie de la sécurité alimentaire (robustesse).

Non seulement le cuisinier doit être attentif aux aliments achetés, mais il doit également respecter certaines règles, telles qu'utiliser rapidemment les aliments frais, se laver les mains avant la préparation des repas, nettoyer régulièrement son réfrigérateur, ne pas utiliser les mêmes planches à découper pour les légumes à consommer crus et pour la viande à cuire, cuire suffisamment les aliments tels que le porc ou la volaille.

Pour la préparation des repas des bébés ou des femmes enceintes, des normes plus drastiques peuvent être adoptées, tels qu'utiliser de l'eau minérale ou au moins bouillie pour la préparation des biberons, rincer les légumes au vinaigre pour les femmes enceintes...

Au final, la cuisine vise à transformer et à associer des aliments variés de façon à garantir la santé du consommateur.